El Consejo Consultivo es un órgano colegiado que sigue de cerca y examina el desarrollo de las actividades realizadas por la Agencia Nacional de Vigilancia Sanitaria, solicitando informaciones y haciendo proposiciones sobre las acciones de la misma.

Las reuniones del Consejo son trimestrales, y éste está compuesto por representantes de instituciones de la administración pública, sociedad civil organizada y comunidad científica. Su funcionamiento es dispuesto en normas propias, y es presidido por el Secretario Ejecutivo del Ministerio de Sanidad.

Para apoyar las acciones del Consejo hay una Secretaría Ejecutiva que tiene como competencia planificar, orientar, supervisar y coordinar la ejecución de las actividades técnico-administrativas, así como articularse con instituciones públicas privadas.