Nefrotoxicidade
Todos os aminoglicosídeos são potencialmente nefrotóxicos. Manifesta-se clinicamente após 7 a 10 dias de tratamento como uma insuficiência renal aguda do tipo não oligúrica, por necrose tubular aguda.  Há reversibilidade da função renal com a interrupção do tratamento. Fatores de risco incluem: uso concomitante de outras drogas nefrotóxicas, idade avançada, doença hepática subjacente, uso prévio de aminoglicosídeos e estados hipovolêmicos.

Ototoxicidade
É relativamente incomum, porém importante por sua irreversibilidade podendo ocorrer mesmo após a interrupção da droga.

Paralisia neuromuscular
É complicação rara, sendo vista em situações especiais, como na absorção de altas doses intra-peritoneais ou de infusões rápidas do medicamento. Alguns pacientes estão mais susceptíveis a esta complicação, como aqueles que usaram curarizantes, ou pacientes com miastenia gravis, hipocalcemia, hiperfosfatemia, botulismo, nos quais os aminoglicosídeos não devem ser utilizados. O tratamento é feito com administração de gluconato de cálcio.